Hlutverk umhverfissjóðs sjókvíaeldis er að greiða kostnað við rannsóknir vegna burðarþolsmat, vöktunar og annarra verkefna er stjórn sjóðsins ákveður, að því er segir í reglugerð sem gefin hefur verið út um sjóðinn.
Einnig veitir sjóðurinn styrki samkvæmt ákvörðun stjórnar hverju sinni, sem ætlaðir eru stofnunum, fiskeldisfyrirtækjum og öðrum einstaklingum og lögaðilum. Þá bætir sjóðurinn rekstrarleyfishöfum tjón sem ekki verður rakið til ákveðinnar eldisstöðvar.
Fyrir sjóðnum fer fjögurra manna stjórn sem skipuð er til fjögurra ára í senn af sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra. Landssamband fiskeldisstöðva og Landssamband veiðifélaga skipa hvor sinn stjórnarmanninn. Hina tvo skipar ráðherra og er annar þeirra jafnframt formaður sjóðsins.
Sjóðurinn er fjármagnaður af gjaldi sem rekstrarleyfishafar greiða árlega af hverju tonni af eldisfiski sem heimilt er að framleiða og nemur 12 SDR. Gjaldið rennur óskert í sjóðinn. Sjóðurinn hefur farið vaxandi samfara auknu fiskeldi og námu úthlutanir 228 milljónum á árinu 2018 samanborið við 87 milljónir króna á árinu 2017.
Í frétt frá atvinnuvegaráðuneyti kemur fram, að með setningu reglugerðarinnar styrkist stjórnsýsla sjóðsins og gagnsæi ákvarðana við úthlutanir úr honum muni aukast. Umhverfissjóður sjókvíaeldis starfar samkvæmt lögum nr. 71/2008 um fiskeldi. og er markmið hans að lágmarka umhverfisáhrif sjókvíaeldis.